Lần đầu tiên (năm 1844)

Vào năm Giáp Thìn (1844), do nạn bão và lũ lụt hoành hành dữ dội ở làng Long Tuyền, làm nhà cửa ruộng vườn tiêu tan, nhân dân đói rét. Sau trận thiên tai đó, nhân dân trở về làng làm ăn càng lúc càng đông và lập ngôi đình bằng tre gỗ, lợp lá tại vòm rạch Bình Thủy, để cầu nguyện thần linh phù hộ cho mưa thuận, gió hoà để giúp bà con luôn được an lành

Lần thứ hai (năm 1853)

Thời vua Tự Đức năm thứ 5 (1852) quan Khâm sai đại thần là Huỳnh Mẫn Đạt đi tuần thú trên một chiếc hải thuyền, khi thuyền gần đến Cồn Linh nơi đầu vàm rạch Bình Thủy thì gặp một trận cuồng phong lớn, làm mọi người trong thuyền đều hoảng sợ. Khi đó quan đại thần bèn ra lệnh cho thuyền nấp ngay vào vàm rạch Bình Thủy và được an toàn vô sự. Qua sự kiện này, quan bèn mở tiệc vui chơi ba ngày cùng dân làng. Nhân sự kiện này ông đổi lại tên cồn này là Bình Thủy. Khi trở về triều, quan đại thần tâu cùng vua Tự Đức xin ban sắc phong thần cho làng Bình Thủy. Sau đó, vua hạ chỉ phê sắc phong thần cho làng là Bổn Cảnh Thành Hoàng vào ngày 29 tháng 11 năm 1852 (năm Nhâm Tý).

Sau khi có sắc phong của nhà vua, dân địa phương đã cùng nhau cất lại đình lần thứ hai (1853). Lần này lợp ngói phía trước đình để xây thêm một nhà võ ca (thường dùng để làm Nhà hát bộ, trong đó có một sân khấu nhỏ, thấp, bằng gỗ để cho các đoàn hát đến biểu diễn cho bà con thưởng ngoạn). Theo cuốn "Cần Thơ xưa và nay" của tác giả Huỳnh Minh thì đình này còn thờ Trầm Hương công chúa và Huệ Cơ công chúa nhưng cũng không có sự tích. Sau này nhân dân còn đưa thêm những người có công với nước vào thờ như: Đinh Công Tráng, Nguyễn Trung Trực, Bùi Hữu Nghĩa, Võ Huy Tập...

Lần thứ ba (năm 1909)

Lần này, Đình Bình Thủy được xây lại mới hoàn toàn.

Nguyên vào năm 1904, quan tri phủ Nguyễn Đức Nhuận thấy đình sắp sập, đề nghị cất lại đình ở ngã tư trên sở đất của làng rộng 2,9 ha, ông La Xuân Thanh, nghiệp chủ giúp đỡ tiền và chỉ huy xây dựng. Chẳng may quan tri phủ qua đời, công việc bị đình trệ. Năm 1909 ông cả Nguyễn Doãn Cung cùng ông thông gia điền chủ đồng tán thành ý kiến xây dựng lại ngôi đình lần thứ ba cũng tại chỗ cũ (vàm Bình Thủy) với số tiền chung là 5.823 đồng Đông Dương. Công việc xây dựng được khởi công từ ngày 12 tháng 7 năm 1909 đến 1910 thì hoàn thành. Công việc xây dựng được tiến hành tốt đẹp với sự thiết kế của ông Huỳnh Trung Trinh.